El Ministerio de Gobernación ha cumplido desde 1844, un papel protagónico en el desarrollo de la sociedad costarricense.  Fue el segundo Ministerio en crearse y se le denominó Ministerio de Gobernación y Policía, Relaciones Interiores y Exteriores, funcionando bajo el esquema de lo que hoy en Centroamérica se conoce como el Ministerio del Interior ; encargándose ante todo de la administración del ejército por parte del Gobierno y asuntos territoriales.

Para 1949, con la consolidación de la Segunda República el Ministerio se rige por la Constitución Política de la época, además de todo un andamiaje legal que contempla la Ley Orgánica de la Guardia de Asistencia Rural (No. 4339), por la Ley General de Administración Pública (No. 6227), Ley General de Migración y Extranjería (No. 7033), Ley sobre el Desarrollo de la Comunidad y su Reglamento (No. 3859), Ley de Control de Propaganda y su Reglamento (No. 5811) y la Ley de Creación de la Junta Administrativa de la Imprenta Nacional (5394).

En 1994, por decisión política, vía decreto ejecutivo se le encarga al Ministro de Seguridad el recargo del Ministerio de Gobernación y su respectiva cartera. Como no se reformó la Ley, la naturaleza y condición jurídica, administrativa y presupuestaria sigue siendo independiente del Ministerio de Seguridad.

Actualmente el Ministerio por medio de sus instituciones adscritas (DINADECO, Dirección General de Migración y Extranjería, Tribunal Administrativo Migratorio, Oficina de Control de Propaganda e Imprenta Nacional)  trabaja directamente con las temáticas de Población Migrante, Desarrollo Comunal, Publicidad y Propaganda, y la Imprenta que se encarga de la generación de material gráfico y escrito para otras dependencias del Estado.